悪戦苦闘すること丸２日、よーやくEPUB 3ファイルができました。
いや、正確にいうと、目的のファイルはできていないんですが、ノウハウはほぼ手に入れた、ってことなんですが。

今回採用したのは、「Sigilで作ったEPUB 2ファイルを、手作業でEPUB 3に変換する」というアプローチです。理由は、Sigilを使い慣れているから、というのがひとつ。もうひとつ、本格稼働させたときに、でんでんコンバーターを使うと、めんどくさいことになりそうだから。ウチは、CSSを複数使ったりするので。
そんなこともあって、SigilでEPUB 2形式でベースをつくり、それをEPUB 3化しよう、という路線で固まったのです。
「EPUB2 EPUB3 変換」でググると、いくつかのサイトがヒットします。それを参考に作業をすすめてみたのですが……これが一筋縄ではいかなくて。結局、お試しにでんでんコンバーターで作ったEPUB 3ファイルと、参考サイトと、変換前のEPUB 2ファイルを見比べて、どこをどうすればいいのか、を探ることになってしまいました。
てなわけで、変換の作業はこんな感じになりました。

1. SigilでHTMLの目次をつくる
2. 目次の項目を「番号リスト」にする
3. 本文xhtmlのヘッダを置き換える
4. toc.ncxのヘッダを置き換える
5. content.opfのヘッダを置き換える
6. content.opfのuuidとタイトルを書き換える
7. content.opfブロックのTOC.xhtmlの行を置き換える
8. content.opfブロックのカバー画像指定の行を置き換える
9. TOC.xhtmlのヘッダを置き換える
10. 目次内の<div>とか<br />とかをとっぱらう
11. 目次要素の最後に</nav>を書き加える

ポイントは、EPUB 3の「nav.xhtml」を、Sigilの「TOC.xhtml」で代用するという点です。
ここが一番難しかったかな。
工程はちょっと多いですが、すくなくとも私の中では、これが一番シンプルな解決法でした。

とはいえ、まだサンプルができた段階。
ちゃんと１冊に仕上げたEPUB 2ファイルでやってみたら、エラーの嵐かもしれませんし。
ただまぁ、道筋を見えたってことで。
で。
ふと思ったんですが……このノウハウ、しっかり解説つけたら、電子書籍として売れないかしらん（笑）

いまさらながら、EPUB3にチャレンジしてます。
いま販売してる電子書籍は、EPUB2というひと世代前の規格でつくっているのですが、「EPUB3を使ってないのは素人だバカだ（かなり意訳）」と、諸先輩方からダメ出しを食らったので、遅ればせながらEPUB3に取り組もうと思ったわけです。
サンプルとして使おうと思ったのが「萌えコピ」です。
iPodTouch-iPhoneを使っていたとき、この萌えコピからおもしろい話を抜き出してテキストファイル化、それを「i文庫」というアプリに転送して読んでいたのです。
電車での移動時とか、サクッと読めて、便利だったんですよねー。
HTC J Butterflyに乗り換えたとき、これもそのまま活用しようと思っていたのですが、ちょうどいいアプリがなくて、しばらく放置されていたのでした。
で、それをEPUB3の練習用に引っ張り出してこよう、と思ったのです。
目論見は、「でんでんコンバーター」でEPUB3化し、「Kindle Previewer」でKindleで読める形式に変換して、端末(スマホとかPaperWhiteとか)に転送する、というものでした。
でしたが……。
なーんも考えずに、テキストファイルをでんでんコンバーターに打ち込んだら、案の定大失敗。
さすがルールに厳しい電書ちゃん(泣)
※こちらが間違った使い方をしているだけなので、でんでんコンバーターは悪くありません

きちんとでんでんコンバーター向けにテキストを直せばいいわけなんですけど……。
ファイル数、400超えてるしなぁ。
ひとつのテキストファイルにするという方法もありますが、それだと規定のファイルサイズをオーバーする可能性も……。
うむむ。
練習のためのデータづくりで、あっさりつまずくとはねぇ。